苗族醫藥的起源很早。苗族民間有「千年苗醫，萬年苗藥」之說，而苗族醫藥見諸史籍的時間也很早。西漢劉向在《說苑‧辨物》中說：「吾聞古之為醫者曰苗父。苗父之為醫也，以營為席，以芻為狗，北面而祝，發十言耳。諸扶之而來者，舉而來者，皆平復如故。」「苗父」者誰?有的學者認為：「劉向《說苑》說上古有人名苗父，……這個苗父就是黎、苗族的巫師(巫醫)，巫師治病主要是祈禱禁咒術，但也逐漸用些酒、草等藥物」(《中國通史簡編》)。
有的學者認為，漢族文獻所記的苗父，就是苗族傳說中的「藥王爺」。湘黔交界的苗族人民說，藥王爺是一個週身透明、狀如玻璃、有翼能飛的神人，他不畏艱難險阻，披星戴月為人民「岔稅岔嘎」(東部苗語即「尋找藥方」)，這個傳說流傳很廣，苗族東西部地區均有「一個藥王，身在八方;三千苗藥，八百單方」的歌謠。至今黔西南州安龍、貞豐、晴隆等地的苗醫，還非常崇敬「藥王」，在行醫過程中治好病，就要以殺雞祭祖的方式來敬祭「藥王」。這個傳說同《淮南子》記載的「神農嘗百草」的傳說非常類似，《山海經》云：「黑水之北，有人有翼，名曰苗民。」其中「有翼」和「有翅」、「透明」的傳說，均是神話時代苗族先民的特徵，這說明苗族醫藥是起源於上古神話時代的。
由於苗族本身無本民族文字和史實的記載，故其醫藥的起源難於考證，但從眾多的其它文獻和傳說、古歌中，仍可窺知其具體情況，其特點一是起源較早，歷史悠久;二是起源於苗族人民生產和生活實踐。苗族由於生活於藥物資源十分豐富的地區，較早地瞭解和掌握了植物的知識和藥用價值。至今在苗族地區，幾乎每人都能認識掌握幾種甚至幾十種藥物治療方法，有些地方家家戶戶門庭院落房前房後皆種植一些常用藥物，形成人們應用草藥極為普遍的特點，具有「百草皆藥，人人會醫」之稱，史載楚國巫師經常用苗藥作巫具.
《楚辭》中有不少記有被稱為「苗藥』、的「菖蒲」和「澤蘭」，長沙馬王堆一、二號漢墓把「澤蘭」作為殉葬品，說明了苗藥的歷史悠久和廣泛應用。漢武帝時唐蒙在南越吃到枸醬，問從何來，曰：「道西北(yangke江)」(《史記‧西南夷列傳》)，即古夜郎境內，《興仁縣志》載：「山產萎(草頭加弱)，花如流籐，葉如蓽茇，子如桑椹。苗家瀝其油，醢為醬，味亦辛香。取其葉，裹檳榔食之，謂可辟瘴，苗女持贈所歡，以為異品。」
興仁在古夜郎境內，從上述記載，可知苗族開發植物資源作為食品和藥物的歷史悠久。
苗族「古歌」中關於遠古發現藥物的故事也很多，如黔東南一首叫《墊哈》的古歌，說的是哈哥小時不幸被虎背去，十年未返，後被父母找回時，野性不改，聲音嘶啞不能說話，一次他跑出去到河邊吃了很多浮萍，哈哥不但能說話了，還改掉了野性，苗家因此積累了浮萍能治嘶啞病的經驗。
雖然苗族生活在植被繁茂、藥物豐富的地區，但苗族早期遷徙頻繁，所到之處大多是人跡罕至的荒僻山區和瘴癘之鄉，自然條件十分惡劣，但這種環境反而鍛煉了苗族生存鬥爭的能力。在這種特定的條件下，如果沒有起源較早的醫藥活動，絕對不能保證民族得到生存和繁衍。苗族的許多有名的治療方法和用藥經驗，就是來源於這種生存鬥爭。如苗醫著名的糖藥針療法，是一種獨特的外治療法，此法廣泛流傳於貴州西南和西北大部分地區，貴州關嶺鎮寧、紫雲等地的苗醫，用此法幾乎走遍了全國各地。
糖藥針療法溯源於古老的弓弩上應用的弩藥，從弩藥的成份上看，主要是古代苗人將「見血封喉」的劇毒藥汁敷塗於弩箭尖上，以獵取虎豹等兇猛動物，《宋史‧蠻夷列傳》載，蠻夷人(主要指苗瑤民族)「其保聚山險者，雖有畬田，收谷粟甚少，但以藥箭射生，取鳥獸盡，即徙他處。善為藥箭，中者大叫，信宿死，得藥解之即。」
至今苗族仍有狩獵習慣，古代苗族應用弩藥是可以肯定的，但其它民族也有弩藥，而苗族都能將它應用在治病上，可謂是一創造。苗族在應用弩藥的漫長過程中，配製者為適應治病的需要，有意減去了其中的劇毒成份，加入蜂糖等降低藥物毒性的成份，用特製的排針或三稜針沾藥汁刺於患處，其操作簡便，治療迅速，副作用小，糖藥針是苗醫獨特的外治法，是起源於苗族古代狩獵活動而發明的弩藥，這正是苗族醫藥起源於古代生活和生產實踐的有力佐證。
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