在歷史上，瑤族人民在預防醫學方面也總結出豐富的經驗。如瑤族先民很早就認識到某些疾病是可以互相傳染的，當隔離了病人或焚燒其屍或遷徙其居，就能預防某種疾病的傳播。《開建縣志》：瑤族「懼患痘，有出而染者，不得復入」。在《阮通志》中有這樣的記載：「有病歿，則並焚其屍徙居焉」。瑤族對天花等烈性傳染病，「採取嚴禁天花患者回歸原來材寨居住的方法，將病人與居民隔離開，以減少這種疾病的流行」。
瑤族的村規民約，也反映了瑤族預防醫學歷史的又一個側面。如《瑤家河規》中規定：「不能亂倒雜物污染河水」。瑤族的「石牌」中也有關於不得亂放藥毒魚的規定。這都說明了瑤族人民在與疾病作鬥爭中很早就認識到疾病可以傳染，用隔離或消滅傳染源的方法可以制止傳染病的流行，用預防的方法可以減少疾病的發生，並採取了簡單易行而有效的隔離方法及地方法規性的環境保護措施。瑤族人民就是將防與治緊密地結合起來，從而保證了本民族的健康、繁衍，也為人類的健康作出了貢獻。
瑤醫用的植物藥，常與動物的肉、骨頭或內臟配伍。究其原因是：植物藥大多是用新鮮的原生藥，未經過特殊的加工炮製，一般水煎服或外洗，這樣藥力一般較猛，易過量而產生毒副作用，特別是打類藥，與動物性藥物配伍後，藥力就和緩些。再則配入骨頭等共燉，煎煮的時間較長，一些毒性植物藥，久煎後毒性可降低。
同時，由於瑤族歷來生活條件艱苦，生活水準較低，動物蛋白來源少，加入動物的骨、肉、內臟共燉，吃肉喝湯，可以增加機體動物蛋白的攝取量，從而增加機體的抵抗力，有些動、植物藥配用，還能起到協同、增加藥效的作用。由於上述種種原因，瑤族用藥以動、植藥物配伍，常能收到殊效。
衛生習俗，它反映了瑤族人民燦爛的傳統文化的健康部分，成為瑤族醫藥重要內容之一。
瑤族大多高山為居，遷徙頻繁，游耕生產，生活條件十分艱苦，但深山老林，藥物資源卻十分豐富。勇敢勤勞的瑤族人民，利用本地的藥物資源防病治病、保護健康、繁衍後代的經驗是很豐富的。