赫哲族是中國東北地區一個古老的民族，其先民的歷史可追溯到6000-7000多年前的密山新開流肅慎文化時期，在先秦時稱肅慎、漢魏時稱挹婁，南北朝時稱勿吉，隋唐時稱黑水靺鞨，明末稱東海女真、野人女真。公元1608年(明萬曆三十六年)，東海女真(赫哲部)反抗建州女真的征服，呼爾哈路千餘人圍攻重鎮寧古塔，給建州女真聯軍沉重打擊。公元1651年(順治八年)，烏扎拉村的赫哲人及其附近的滿洲八旗、奇勒爾人(東海女真)，配合寧古塔章京海色反擊沙俄入侵者以哈巴羅夫為首的哥薩克;揭開清朝軍民聯合反抗沙俄入侵的序幕。公元1657(順治十四年)，沙俄侵略者斯捷潘諾夫等哥薩克入侵松花江流域依蘭縣附近尚堅烏黑等處;赫哲、滿八旗、奇勒爾人配合寧古塔章京沙爾瑚達所率清軍痛擊入侵者。此年於松花江口擊斃斯捷潘諾夫。
「赫哲」一詞，最早見於官方文獻是《清聖祖實錄》：「康熙二年癸卯……三月、壬辰(公歷1663年5月1日)命四姓庫裡哈等進貢貂皮，照赫哲等國例，在寧古塔收納」，這裡的「國」是女真各部，不是今天國家的概念。從後金到清初統一女真各部的進程中，曾相繼將赫哲部編戶編旗。編戶始於天命二年(1617年)，就是按照血緣(姓-氏族)和地域(鄉-村屯)的原則，把赫哲人分為若干姓，每姓設若干鄉，再由姓長和鄉長管理。順治二年(1645年)開始編旗，直接把赫哲部納入滿洲八旗本部，稱為「伊徹滿洲」(新滿洲)。
直到19世紀初葉，從牡丹江至黑龍江下游烏扎拉村，所有赫哲部的22個氏族，都由清廷按其氏族與分佈地區編入滿洲八旗本部，行使有效的管轄。在清代，赫哲與內地及當地各民族的產品交換關係日益發展，赫哲漁獵工具也逐漸有所改進，生產力逐漸提高，原始社會漸趨分解，至清末已從原始社會末期跨入階級社會。辛亥革命以後，三江平原開發的速度加快，赫哲人與漢族雜居，漁獵產品的商品化程度加深，在政治、經濟等方面形成與漢族及周圍其他各族不可分割的聯繫。
日本侵佔東北後，對赫哲、鄂倫春等人數較少的部族，實行野蠻統治，甚至公開推行種族滅絕政策，使赫哲人口更加減少，抗日戰爭勝利以前，已瀕於被滅絕的境地。
解放以後，赫哲人分為兩部分，一部分融合於滿族共同體，一部分從滿族八旗中分離出來，成為今天的赫哲族。俄國人曾稱赫哲(那乃)族為「高爾諜」、「戈爾德」、「烏德哥」、「阿槍」及「阿其泱」人，或稱之為「那篤奇斯人」與「納特基」人。譯文中，稱「那乃」之前多稱為「果爾特人」。
中國清政府刊刻的《皇清職貢圖》中出現了今天赫哲族的三個組成分支——「奇楞」、「七姓」、「赫哲」。「奇楞」的意義和來源有「與鄂倫春同源說」和「姓氏說」等幾種。「七姓」是赫哲族的七個氏族，並非族稱。「赫真」是「東方」、「下游」之意。他們對外都自稱「赫哲」。「赫哲」是從「赫真」變音而來，而「赫真」又是「黑斤」、「黑真」、「黑金」、「黑津」、「黑筋」、「黑哲」、「黑折」、「赫斤」、「赫金」、「赫錦」等的同音異寫，這些名稱在《清實錄》、《滿洲源流考》、《寧古塔紀略》、《柳編紀略》、《寧古塔山水記》、《西伯利東偏紀要》、《吉林通志》等歷史文獻中都出現過。
俄國東侵之後被分裂為跨國民族。居住在俄國境內的約2萬多人 ，稱為「那乃人」，居住在我國境內的約4600人，仍稱「赫哲族」。2010年，全國共有赫哲族聚居地四處，分別是同江市街津口赫哲族鄉和八岔赫哲族鄉、饒河縣四排赫哲族鄉和佳木斯敖其鎮的敖其村。
由於歷史原因，赫哲族是個跨國民族，在俄羅斯境內有赫哲族人口一萬餘人，當地人稱他們為那乃人。他們的民族歷史、民族語言、宗教禮儀、歌曲舞蹈、衣著服飾、民風民俗和我國赫哲族都具有北方內陸漁獵民族生產生活特色。
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