門巴族有著對鬼、神、佛的最大的寬容精神，不分遠近、親疏、厚薄，都請在他們的心靈的祭祀上按部就座，奉獻人間的禮遇和犧牲。原始宗教、原初本教和藏傳佛教，是在門巴族社會中並存的、為門巴族共同信仰的三種宗教。
原始宗教古已有之，是門巴族理解、處理和解決人與自然的基礎、矛盾和衝突的原則。「萬物有靈」是門巴族原始宗教的「理論」基礎;而巫師和巫術是人與神、鬼之間的「律師」、「法官」和「審判庭」。直到本世紀中葉，人們還真誠地信仰天神地靈、山鬼水妖、石精樹怪、鳥獸蟲魚也都有神性靈氣。
人是自然的一部分，對人自身不能理解的現象，也是信仰和崇拜的對象，門巴族崇拜的「屋樑神」，是在居室屋樑上懸掛的木製的大、小不等的木杵狀的器物，以保佑人丁興旺、子孫萬代，這實際上是原始的男性生殖器崇拜的反映。真誠地信仰培育了審美感，人們從此認為懸吊木杵狀器物的房屋是美的。
鬼神靈氣無所不在，並且喜怒無常，它們既能賜福人間，也常布災降難，凡病痛或不祥，異常或禍殃，認為都是某種鬼靈妖氣造成的，唯有請求巫師施行巫術，請神送鬼，才能禳災除禍。門巴族巫師有登龍坎、巴窩、覺母和巴母等。
門巴族信仰的本教師從藏區傳入門隅的。但本教在門巴族信仰觀念中與原始宗教並沒有嚴格界限。本教來到門隅，並未享受到門巴族給予的特殊待遇，它沒有特別的儀式和儀軌，是擠在原始宗教的祭壇上一同品嚐犧牲，它沒有自己的單元住宅，只是在人們的心靈上承認它的存在。不過，本教也確實拓展了門巴族的信仰思想，它們從本教那裡請來了天神，給原始宗教的各霸一方的眾鬼們找到了最高的主宰;他們接受的本教的宇宙「三界」的結構「理論」，並與民族的實際相結合。
他們認為，他們曾經崇拜的那些山神就是本教說的通向「拉」界的「通天之路」。墨脫的門巴族朝拜的南迦巴瓦峰，就是認為是與「拉」界相連的神山。原始宗教崇拜的鬼靈們也被接納為本教神祇的成員;同時本教的神祇也加入了原始宗教崇拜的鬼靈的行列，如龍、精怪、戰神等。本教傳入門隅，產生了本教的神話、傳說，並在詩歌、舞蹈、戲劇中滲進了本教的思想觀念。