歷史上，塔吉克人曾信奉過祆教、佛教等多種宗教。這兩種宗教文化至今在塔吉克族中還有積澱。約公元10世紀左右，塔吉克人開始信仰伊斯蘭教。公元16世紀末至17世紀初，開始尊奉伊斯蘭教什葉派的一個支派－－伊斯瑪依勒派。相傳在明末清初有一位名賽義德蘇熱的依禪從伊朗到帕米爾高原，大力傳佈伊斯瑪依勒派。他來時帶有70名兵丁，殺了塔什庫爾干原來的統治者江罕格爾和艾蘭木格爾，自立為「賽義德沙利汗」，並在塔吉克族中推行新的教派。
同其他信仰伊斯蘭教的民族比較起來，塔吉克族的宗教活動較少，清真寺很少，根據伊斯瑪依勒教義，不封齋，不去麥加朝聖。部分老人每天在家做二次禮拜以外，一般群眾僅在節日進行禮拜。宗教首領不稱「伊瑪目」，而稱「依禪」，其職位是世襲的。依禪各有自己的勢力範圍，所轄教徒數量不等。在所屬的各地區，由依禪委派當地領先信徒為「海力排」(代理人)，代替其發展信徒，收取宗教稅。牧民分屬不同的依禪，往往是世代信仰某一依禪及其繼承者。一個地區或鄉村往往分屬幾個依禪，因此也就同時有幾個「海力排」。此外，還有宗教職業者「卡孜」掌管宗教法律，「阿蘭姆」主持節日的宗教活動，他們並在一定的地區活動。
塔吉克族非常崇信伊斯瑪依勒派最高的伊瑪目「阿迦汗」。「阿迦汗」的原意為「生命的主宰」。迄今為止，阿迦汗共有4位。現任的阿迦汗四世克裡木侯賽因1957年成為伊斯瑪依勒派第49任伊瑪目。
解放前，阿迦汗被塔吉克族群眾視為真主的化身，尊為人世間的「活主」，對他絕對忠誠和馴服。教徒要定期向阿迦汗奉貢，稱為「賽爾卡爾」。每年把新生的第一胎幼畜和農作物收穫的1/10獻給阿迦汗，由依禪經收。解放後，這項宗教貢賦已經停止。人民政府對於愛國的伊斯瑪依勒派人士，在政治上和生活上都作了必要的安排。他們中間的不少代表性人物擔任了所在地區的人民代表大會代表或政治協商會議委員，有的還擔任了自治區政協委員。
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